Doba u kojem živimo obilježeno je sve bržim promjenama koje se nameću morskom okolišu, a gotovo za sve odgovorni su ljudi. Obalna zona Sredozemlja, pa tako i našeg Jadranskoga mora,  mjesto je na kojemu obitava više od polovice ukupnog stanovništva Mediterana te zbog toga ovo usko područje predstavlja i jedan od najugroženijih morskih okoliša.

Okoliši su ovdje pod pritiscima višestrukih izvora onečišćenja, uključujući otpadne sanitarne vode iz velikih gradova, pritiske onečišćenja iz raznih industrija i brodogradilišta, onečišćenja kao posljedica tankerskih, turističkih i poljoprivrednih djelatnosti te marikulture. Uz navedeno ne smije se zaboraviti da zbog različitih ljudskih aktivnosti dolazi do sve većih gubitaka i degradacije prirodnih morskih staništa, širenja invazivnih stranih vrsta te do klimatske promjena, koje su dovele do danas jasno vidljivih promjene u morskim okolišima na svim razinama unutar morske kompleksne hranidbene mreže.

Posljedice ljudskih pritisaka u ovom prostoru obalnoga mora reflektiraju se na gospodarstvo, javno zdravstvo, ali i nepovratno gubljenje bioraznolikosti i morskih organizama. Onečišćenje morskog okoliša jedan je od najvećih ekoloških problema današnjice. Kako bi očuvale Sredozemlje, te njemu pripadajuće Jadransko more, ekosustave vrlo specifične i velike biološke raznolikosti, Mediteranske zemlje su potpisale niz inicijativa i obveza, između ostaloga i UN-ov Mediteranski akcijski plan, Barcelonsku konvenciju o zaštiti morskog okoliša i obalnog područja Sredozemlja, EUROMED, Direktivu o pomorskom prostornom planiranju i integriranom upravljanju obalnim područjem te Okvirnu direktivu o vodama i Direktivu o morskoj strategiji. 

Uloga mikroorganizama u zaštiti morskih ekosustava

Iako na razini EU nema jednoga jedinstvenog sveobuhvatnog dokumenta o zaštiti morskog okoliša, Strateška direktiva o morskoj strategiji jedan je od temeljnih pravnih izvora EU o zaštiti i očuvanju morskoga okoliša država članica, kao dragocjenoga nasljeđa koje treba štititi, očuvati i, tamo gdje je to moguće, obnoviti.

Uzimajući u obzir hidrološka, biogeografska i oceanografska obilježja te političke, gospodarske, društvene i druge specifičnosti država članica Unije, Direktivom je obvezujuće da svaka država procijeni ekološki status svojeg morskog okoliša, odredi „dobar ekološki status" i razvije svoju strategiju zaštite mora. 

Upravo Direktiva o morskoj strategiji predstavlja inovativniji pristup zaštiti okoliša koja utjecaj ljudskih aktivnosti na okoliš definira preko 11 „kvalitativnih deskriptora dobrog stanja okoliša" koji, između ostaloga, uključuju praćenje promjene u biološkoj raznolikosti (ribljih populacija, populacija zooplanktona, fitoplanktona, bentoskih makroalga, cvjetnica i beskralješnjaka), promjene u funkcioniranju hranidbenih mreža, stupanj eutrofikacije, procjenu cjelovitosti morskoga dna...

Ipak, promatrajući sve navedene parametre jasno je kako su kompleksne zajednice  mikroorganizama, koje imaju ključnu ulogu u funkcioniranju i stabilnosti cijelog morskog ekosustava, u potpunosti izostavljene te se uloga mikroorganizama pri procjeni stanja okoliša promatra isključivo kroz prizmu njihove potencijalne patogenosti.

Ovo izuzimanje mikrobne komponente pri procjeni stanja okoliša zabrinjavajuće je s obzirom da mikrobne zajednice, uključujući bakterije, arheje, gljive, protiste i viruse, predstavljaju dominantne organizme u morskim ekosustavima te imaju ključnu ulogu u svim biogeokemijskim ciklusima kruženja elemenata u morskom okolišu, sekvestraciji ugljika kao i u uklanjanju onečišćivala iz okoliša te čine bazu morske hranidbene mreže. Svaka promjena na razini mikrobnih zajednica neminovno ima utjecaj na strukturu cjelokupne hranidbene mreže te bi u konačnici mogla ugroziti i „usluge ekosustava" koje mikroorganizmi osiguravaju ljudima, a ključne su za održavanje života kakvog poznajemo.

Mikrororganizmi kao indikatori ekološkog stanja okoliša

Velik broj studija jasno je pokazao čovjekov negativni utjecaj na mikrobne zajednice, s jasnim promjenama vidljivim na razini strukture mikrobnih zajednica, njihove gustoće ili raznolikosti, a negativan utjecaj vidljiv je i na funkcije koje obavljaju u okolišu (biogeokemijsko kruženje glavnih elementa).

Ipak, ono što mikroorganizme najviše izdvaja od drugih organizama je njihova sposobnost brze reacije/adaptacije na promjene u svom neposrednom okolišu, što upućuje na njihovu iznimnu vrijednost pri ranom otkrivanju poremećaja u okolišu.